南宁市疾病预防控制中心是于2002年7月组建的隶属南宁市卫生健康委员会的公益一类事业单位，位于南宁市厢竹大道55号，占地面积35亩。现有综合办公楼、门诊培训楼、理化检验楼和微生物检验楼、综合保障大楼（在建）等5栋业务用房，建筑面积约20000平方米，其中实验室用房约8000平方米。同时加挂南宁市食品安全风险监测与检验检测中心、南宁市健康教育所、南宁市结核病防治所、南宁市预防医学研究所、南宁市卫生检测检验中心等5块牌子。
中心是集疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与促进、技术管理与应用研究指导为一体的预防医学医疗机构。设有22个内部机构，其中办公室等6个职能科室，传染病防制科等16个业务科室。现有在岗职工人数为297人（含编制外职工72人），其中专业技术人员为258人；研究生以上学历80人（其中博士学位1人），占在岗职工人数的27.0%；高级职称65人，占在岗职工人数的21.9%；中级职称100人。
中心《传染病防治学科》为南宁市重点学科，《食品安全与检测》为南宁市重点实验室。具有CNAS认可、CMA资质认定、CMAF资质认定等18项资质，可进行水质106项检测、为各放射诊疗机构提供第三方放射卫生防护检测与评价技术服务，可以进行职业病诊断以及职业健康检查等。是华中科技大学同济医学院、广西医科大学、桂林医学院、右江民族医学院的教学基地。